داستان با هم‌صحبتی و قدم زدن دو روشنفکر لاییک و رسمی (دو شخصیت مهم داستان) در یکی از پارک‌های مسکو آغاز می‌شود: یکی میخاییل الکساندر، یا همان برلیوز. نویسنده‌ای مشهور و سردبیر یکی از مجله‌های وزین ادبی پایتخت و رییس کمیته مدیریت یکی از محافل ادبی مسکو و دیگری جوان شاعری به نام ایوان نیکولاییچ پونیریف که با نام مستعار بزدومنی شناخته می‌شود. برلیوز به نوعی نماینده روشنفکران رسمی و صاحب باند و باندبازی‌های ادبی است که محافل مافیایی ادبی راه می‌اندازند و اندیشه‌ای سطحی و تک‌بعدی دارند و دگراندیشان را مجال رشد و نمو و شکوفایی نمی‌دهند و تنها به آنان که مرید و سرسپرده‌شان باشند اجازه فعالیت می‌دهند و دیگران را زیر پا له می‌کنند، شعر و آثار سفارشی می‌پذیرند و شبکه‌ای تار عنکبوتی در تمام نشریات مهم و سرشناس تنیده‌اند. سایه این روشنفکران و نویسندگان رسمی بر تمام عرصه ادبی و محافل نویسندگی سنگینی می‌کند و نگاه تحمیلی‌شان در همه جا گسترده است. یکی از قربانیان این باندهای مافیایی، قهرمان این رمان یعنی مرشد است که در فصل‌های بعدی رمان ظاهر می‌شود و می‌بینیم که این حضرات ریش و سبیل‌دار چه بلایی به سر او با آن همه خلاقیت و عشق و شور آورده‌اند.
برلیوز و بزدومنی به شکلی اتفاقی در پاتریارک پاندز یکی از پارک‌های مسکو با ولند (Woland) روبرو می‌شوند. بزدومنی که به تازگی شعری ضد مذهبی از سوی برلیوز سفارش گرفته است آن را به او می‌سپارد تا در نشریه‌اش چاپ کند و با هم در مورد ماجرای مصلوب شدن مسیح حرف می‌زنند و برلیوز وجود خارجی عیسی ناصری را از اساس انکار می‌کند و آن را ساخته ذهن تاریخ‌نویسان و کاهنان قوم می‌داند. درست در همین زمان سر و کله ولند در چهره یک پروفسور خارجی پیدا می‌شود و در مورد ماجرای مسیح آن‌ها را به چالش می‌گیرد. او داستان را که در واقع فصلی از کتاب چاپ‌نشده مرشد است و در فصل‌های بعد با او آشنا می‌شویم به گونه‌ای بسیار قوی و اثرگذار روایت می‌کند. قدرت بیان او با مرگ ناگهانی و تکان‌دهندهٔ برلیوز که اندکی بعد اتقاق می‌افتد و از سوی ولند از قبل پیش‌بینی شده بود، چنان اثر شگفتی بر شاعر جوان می‌گذارد که روان او را از هم می‌گسلد و وی را راهی بیمارستان روانی می‌کند و او که در اثر این حادثه ضربه هولناکی خورده و تمام باورهایش به هم ریخته و به‌تدریج در اثر آن تحولی ژرف در اندیشه‌اش پدید می‌آید به تمامی شفا نمی‌یابد تا این‌که با مرشد در همان بیمارستان ملاقات می‌کند و این ملاقات راه هدایت و رستگاری را بر او می‌گشاید.
در پایان این داستان شگفت و در یک فضای سیال و فرار سورئالیستی دو دلداده یعنی مرشد و مارگریتا که اکنون به کمک ابلیس به وصال هم رسیده‌اند، هر دو سوار بر اسب، سرخوش و شادان به دنبال ولند از آستان این جهان می‌گذرند و برای آخرین بار مسکو را از فراز تپه‌ای می‌نگرند. شهری که یادآور اورشلیم عهد عیسای ناصری است و اکنون در پی توفان سختی که آن را فرا گرفته در تاریکی و ظلمت محض فرو می‌رود. آنان سبکبار و سبک‌بال دست در دست یکدیگر از کرانه‌های این جهان می‌گذرند و پا به جهان ابدی می‌گذارند.